Emití factura a una empresa y ésta se la pagó a una persona natural

Tengo una empresa de luminaria led y debido a esto un conocido me hizo una movida para instalar luminaria en un club deportivo. Hasta ese momento todo bien. Luego este conocido me dice que tiene hacerle unos trabajos a dicho club y que necesita que le preste una factura de mi empresa para poder cobrar dicho trabajo. Por lo tanto emito una factura de mi empresa por los trabajos del conocido, obviamente, quedando de acuerdo en que el IVA correría por parte de él y hasta ahí todo bien.

Sucede que el gerente de dicho club es amigo de este conocido y como la factura que yo le presté correspondía a sus servicios no hizo nada mejor que pagarle dicha factura directamente sin emitir un cheque a nombre de mi empresa y «yo» ser quién le transfiera lo que le corresponde y «yo» apartar mi IVA. Supondrá lo que sucedió, ahora que es momento de pagar el IVA de esa factura de sus servicios no contesta llamados ni responde whatssap.
A esto mi consulta es la siguiente. ¿Puede una empresa pagar una factura a cualquier persona, siendo que todo cheque debiese pagarse a nombre de la empresa que emite la factura?
¿Tiene este caso alguna solución? O ¿Cooperé por ingenuo?

Anibal P.