Licencias médicas ¿cómo cobrarlas?

Llevo poco mas de un mes con licencia medica y la empresa me manda una carta de aviso de termino de contrato con el respectivo finiquito , que no he querido firmar por miedo a que no me reciban después las licencias , debo decir también que mi contrato es por faena y el medico me dijo que serian a lo menos seis meses de licencia , dicha licencia no es por accidente laboral , si no por una enfermedad común ( colitis ulcerosa activa ) , mas una depresión severa con un cuadro de sicosis.

Yo quiero saber si: ¿ la empresa me puede despedir estando aun con licencia ? y si me despide ¿ donde envió las licencias para que me las paguen ?.

Desde ya gracias por su respuesta

Ricardo