¿Puedo dejar a mi hijo con su padre sin perder la custodia?

Me quiero separar de mi pareja (no somos casados) y tenemos un hijo de 4 años,vivimos en la casa de sus hermanos,no deja que me vaya con nuestro hijo el quiere que lo deje con el.
Quisiera saber si me perjudica si lo dejo con su papá ahora para pedir la custodia más adelante por que estoy decidida a sepárame de mi pareja y dejar a mi hijo con el pero quisiera saber si esto me perjudica o como debería de proceder para que no se tome como abandono de hogar para mi.

El tiene ya una denuncia por maltrato familiar que no lo lleve hasta el final por falta de tiempo, yo mantengo el hogar que compartimos y no da nada para los gastos.
Solo quisiera saber como proceder para dejarlo a mi hijo con su padre sin que más adelante me perjudique al pedir la custodia completa para mi.
Tengo que hacer algún documento?

Johana